Tenemos constancia de una fortaleza en el alto de La Mota desde el reinado de Pedro I, no obstante, poco sabemos de dicha construcción ya que el castillo que hoy conocemos data del siglo XV. Reinando en Castilla Juan II comienzan las obras de construcción del actual castillo cuyos muros se adaptarán y apoyarán en las viejas murallas medievales del siglo XII. El rey Enrique IV terminará las obras del recinto interior del mismo y culminará la obra de la gran torre del Homenaje. Posteriormente, serán los Reyes Católicos quienes dotarán al castillo de una gran barrera defensiva con una moderna galería de tiro subterránea y excavarán el foso que circunda toda la construcción. Precisamente dicha obra será la que convertirá al Castillo de la Mota en una referencia entre todas las fortalezas de su época, configurándose como uno de los primeros castillos de toda Europa que se adaptó al uso de la artillería.

Además de su importancia militar y arquitectónica, La Mota encierra en sus muros un sinfín de historias y sucesos que dibujan el pasado de esplendor del edificio: su función de archivo de la Corona, el encierro de la princesa Juana, la huida de César de Borgia, su papel en la Guerra de las Comunidades, etc.

Con el paso del tiempo el castillo cayó en desuso debido al cual las instancias interiores originales se perdieron. A partir de su declaración como Monumento Nacional en 1904 se comienzan diversas obras de restauración y reconstrucción del edificio interior para albergar a partir de los años 40 la escuela de mandos de la Sección Femenina.